אתיופיה נחשבת למקור הראשוני של הקפה. חיפוש מהיר בגוגל של הביטוי "ההיסטוריה של הקפה", יחשוף סיפור מפורסם על קלדי, רועה עיזים אתיופי, שחי סביב שנת 800 לספירה.
הוא ניגש אל העזים שלו והבחין שהן מתנהגות מוזר מאוד. הן נעשו נמרצות ונרגשות מאוד לאחר שאכלו מפירותיו של עץ מסוים. קלדי החליט לנסות את הפירות בעצמו ולאחר שגילה שגם הוא מרגיש נמרץ וערני, לקח את הפירות לנזירים. הנזירים קבעו כי הפירות הללו הם מעשה שטן והשליכו אותם לאש. שריפת הפירות גרמה לריח מענג להשתחרר לאוויר, אך הפירות כבר נשרפו כליל. הנזירים הניחו חלק מהפירות בכד ומילאו אותו במים חמים על מנת לשמר אותם. הנזירים המשיכו לשתות את המרקחת החדשה והמופלאה והחלו להבין שהיא מסייעת להם להישאר ערים במהלך טקסי ותפילות לילה. ככל הנראה, מדובר כמובן רק באגדה מקסימה וסביר יותר להניח שמקורות הקפה הם בתושבי אורומו/גאלה הנודדים של אתיופיה וצפון קניה.
בית הקפה הראשון בעולם נפתח בשנת 1475 בקונסטנטינופול, הידועה כיום בשם איסטנבול. המבקרים עסקו בשיחה, ריכלו והתעדכנו בחדשות בעודם נהנים מהקפה האהוב עליהם.
המעבר לאירופה גרם להיסטוריה של הקפה להשתנות. המשקה האקזוטי הזה בהחלט עורר סערה בקרב מטיילים אירופאים. אז, עד המאה ה-17, הקפה עשה את דרכו לאירופה והפך פופולרי יותר ויותר ברחבי היבשת.
ההיסטוריה של הקפה האירופי מתחילה באיטליה, שם הוא יובא מהאימפריה העות'מאנית. בפרט, סוחרים ונציאנים תרמו לפופולריות הנרחבת של הקפה באזורי אירופה ובשנת 1645, בית הקפה האירופי הראשון אי פעם נפתח בוונציה. שתיית קפה הפכה למצרך נהדר, במיוחד עבור אנשים עשירים.
באמצעות חברת הודו המזרחית ההולנדית וחברת הודו המזרחית הבריטית, הפך הקפה לפופולרי מאוד גם באנגליה. בית הקפה הראשון באנגליה נפתח באוקספורד בשנת 1651 ורבים אחרים הגיעו במהירות בעקבותיו, במיוחד בלונדון. בתי קפה היו לגברים בלבד, שם יכלו לדון בעסקים ובחדשות, כמו גם להתרועע. אומרים שיוזמות ורעיונות עסקיים רבים התחילו בבתי קפה בלונדון.
הקפה הגיע לפריז, צרפת בשנת 1669 על ידי סולימאן אגה, שגריר החצר של מלך צרפת לואי ה-14. הוא הציג שקיות קפה שתוארו כ"משקה קסום". רק שנתיים מאוחר יותר ב-1671, ארמני שזכה לשם פסקל, פתח דוכן לשתיית קפה ביריד סנט-ז'רמן. המבקרים למדו מהר מאוד לחפש את ה"פטיט נואר", שם שעדיין קיים. הייתה זו תחילתם של בתי הקפה הפריזאיים, מה שכמובן נתן השראה לבתי קפה להיפתח בכל רחבי צרפת. במהלך 30 השנים הבאות הפך הקפה לנדבך תרבותי חשוב באוסטריה, גרמניה, ספרד ושאר אירופה. עם זאת, גידול קפה באירופה היה מאתגר, בשל האקלים הקר השורר ביבשת. סוחרים אירופאיים יתחילו מאוחר יותר לגדל קפה במקומות אחרים.
בשנות ה-1600, רוב פולי הקפה הגיעו מתימן. פולי הקפה היו תחת פיקוח קפדני ובעלי השלטון עשו כל שביכולתם כדי להבטיח שלא ניתן לגדל פולי קפה פוריים במקומות אחרים. עם זאת, באבא בודן, צליין מוסלמי, עמד לשנות את דרך ההיסטוריה של הקפה לנצח. הוא עזב את מכה כדי לחזור להודו בשנת 1600, והבריח חופן פולי קפה. בעזרת המתיישבים הבריטים, אלה יהפכו לזרעים של תעשיית הקפה המסחרית הראשונה בעולם מחוץ לאפריקה ולחצי האי ערב, שעדיין מייצרת קפה כיום.
קפה הוצג לראשונה לאינדונזיה בסוף המאה ה-16 על ידי סוחרים הולנדים, ובמהלך המאה הבאה הוא יעשה את דרכו לעשרות האיים הרבים של אינדונזיה, כמו סולאווסי, סומטרה, ג'אווה ובאלי. במשך תקופה קצרה, כמה איים באינדונזיה היו בין יצרני הקפה המובילים בעולם.
בסביבות המאה ה-19, קפה תורבת בתאילנד, וייטנאם, קמבודיה ולאוס על ידי קולוניזרים צרפתים. סוף סוף הורשו ההולנדים לגדל קפה במחצית השנייה של המאה ה-17 והצליחו במאמציהם באי ג'אווה, במה שמכונה כיום אינדונזיה. הצמחים שגשגו וההולנדים החלו למלא תפקיד משמעותי במסחר בקפה.
מייסד המושבה של וירג'יניה, קפטן ג'ון סמית', הציג קפה למתיישבים אחרים של ג'יימסטאון בשנת 1607. עם זאת, הוא לא התקבל היטב בהתחלה והתה עדיין היה מועדף הרבה יותר. בשנת 1670, דורותי ג'ונס הפכה לאדם הראשון שקיבל רישיון למכור קפה בבוסטון. באמצע שנות ה-1700, טברנות רבות כונו גם בתי קפה, אבל תה עדיין היה המשקה המועדף. רק כאשר מרד נגד בריטניה הגדולה גרם להשלכת כל התה לים וזה נחשב לא פטריוטי לשתות אותו יותר, הקפה הפך יותר ויותר פופולרי.
מזג האוויר החם והטרופי של העולם החדש נתפס כאידיאל חדש לגידול קפה, ומטעי קפה התפשטו במהירות ברחבי מרכז אמריקה, כאשר קציר הקפה הראשון שלהם התרחש בשנת 1726. גם למדינות אמריקה הלטינית יש תנאי גידול קפה אידיאליים, עם איזון טוב של שמש וגשם, טמפרטורות גבוהות ולחות ואדמה עשירה. עד אמצע המאה ה-18, מדינות אמריקה הלטינית הופיעו כחלק מיצרניות הקפה המובילות, שפינו יערות טרופיים נרחבים לקראת מטעים. כיום, ברזיל היא יצרנית הקפה הגדולה בעולם.